Aminohappojen atomien nimeämisessä käytetän yleensä seuraavaa kaavaa:
Pääketjun muodostavat aminoryhmä (NÐH),α-hiili (Cα) ja siihen
liittynyt vety (Hα), sekä karbonyyliryhmä (C=O). Sivuketjun atomit
nimetään Cα-hiilestä poispäin siirryttäessä kreikkalaisin aakkosin
(β, γ, δ, ε, ζ, η). Vetyjen
ja haarautuvien sivuketjujen kohdalla käytetään lisäksi numerointia erottamaan
atomit toisistaan. Alla olevassa esimerkissä on nimetty valiinin kaikki
atomit. Esimerkissä pääketjun atomit on lihavoitu.
